Как заставить Node.Js дождаться выполнения MySQL?

Делать асинхронный node синхронным - глупо

Как заставить Node.Js дождаться выполнения MySQL?

Да, запрос выполнить правильнее в единой функции.
А вот обработку результата надо выполнять в персональной функции.

Вариант 1: в sql_get передавать callback-функцию и вызывать ее после получения результата. Только поаккуратнее, чтобы не было callback hell

Вариант 2 (предпочтительней): sql_get возвращает promise. Дальнейшая обработка идет после его окончания.

Почему set_time_limit в PHP 5.6 не работает?

Скомпилировать в нужной заменой

Почему set_time_limit в PHP 5.6 не работает?

Возможно, хостер запрещает set_time_limit

Какой вариант конфигурации для nginx логичнее и предпочтительнее?

а зачем инклюдить рут, если его можно прописать прямо в конфиге?

Тот скрипт, который генерирует root, знает только root. И не должен ничего знать про остальные настройки домена, которые админ может вручную прописать в основном конфиге домена.

И, опять же, где почитать про то, колько файлов nginx может нормально "скушать"?

Выяснить опытным путем. Мне кажется, что это будет порядка сотен тысяч файлов. Вряд ли ваш сервер выдержит столько доменов.

Почему set_time_limit в PHP 5.6 не работает?

178.213.113.100/test.php сейчас выводит

max_execution_time 180
max_execution_time 0

Какой вариант конфигурации для nginx логичнее и предпочтительнее?

1. 5 доменов - 5 conf-файлов.

2. Строчка "root ..." с путем до домашнего каталога вынесена из conf-файла в отдельный, а вместо нее include. Еще 5 файлов. Итого 10.

Домашний каталог изменился - перегенерировать файл из п. 2.

P.S. То, что несколько доменов смотрят на один каталог (их файлы из п. 2 совпадают), не имеет никакого значения.

Почему стирается значение в сессии?

Для проверки создайте следующий скрипт и запустите его из браузера несколько раз. Счетчик должен увеличиваться.

<?php
session_start();
if (!isset($_SESSION['i'])) { $_SESSION['i'] = 0; }
echo $_SESSION['i']++;

Как правильно организовать связь между таблицами?

Если у склада ОДИН город - значит, в stock->relations должен быть city HAS_ONE.
Если у города МНОГО складов - значит, в city->relations должен быть stocks HAS_MANY.

Как правильно организовать связь между таблицами?

Не может!!! При структуре

1 таблица складов, есть id, name, city_id

у склада только ОДИН город!

Как правильно организовать связь между таблицами?

Значит, у вас HAS_MANY. Прочитайте еще раз мой самый первый комментарий - надо HAS_ONE.
Укажите relations всех моделей.

Как правильно организовать связь между таблицами?

На какой именно строчке ошибка?

Укажите relations всех моделей.

Как правильно организовать связь между таблицами?

Может. Как это сделать - см. мой самый первый комментарий.

Как сохранить на компьютер часть HTML страницы с введёнными данными?

В PHP загрузить pdf-файл (одна строчка), наложить в нужные места значения (писать с нуля, опытным путем подпирая отступы), отдать на скачивание (пару строчек). Гуглите по "php pdf generator"

Как правильно организовать связь между таблицами?

1. Называйте переменные правильно! Не $a, а $item. Не $city_id, а $city
2. City::model()->findByPk($stock->city_id) лишний. Вместо него $stock->city (как для этого описать relation - выше уже писал)

Как ускорить сервер на базе NGINX - Php-Fpm?

Еще можно делать одноразовые ссылки nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_secure_link_module.html

Как ускорить сервер на базе NGINX - Php-Fpm?

Отдавать статику всем без проверок - nginx из коробки и так это делает.
Отдавать статику с проверками - https://www.nginx.com/resources/wiki/start/topics/...

Как правильно организовать связь между таблицами?

$item = Item::model()->findByPk(1);
foreach($item->stocks as $stock) {
   $city = $stock->city;
}

P.S. with нужен только для оптимизации, когда выбирается много item, чтобы stocks выбирались одним запросом, а не в цикле по каждому item. Для одного item не нужно указывать with

Как правильно организовать связь между таблицами?

Stock::model()->with('Stocks')->findByPk(1);

Во-первых, у Stock нет связи stocks. Она есть только у Item и City.
Во-вторых, если надо найти ТОВАР=1, то и указывать надо модель ТОВАРА Item::model()...

Как правильно организовать связь между таблицами?

Правильнее назвать stocks, а не itemMany.

findByPk как именно вызывается?