На днях тоже копался с подобным вопросом.
Так вот, автоконфигурация всегда отрабатывает после тех конфигов, что определены в приложении.
Что до вопроса, я бы попробовал
@Bean(name = "myCustomMapper")
@DependsOn({"objectMapper"})
public ObjectMapper myCustomMapper(@Lazy @Qualifier("objectMapper") ObjectMapper defaultMapper) {
//customize
return defaultMapper;
}
В общем, поиграться с подобными директивами - возможно, получится втолковать спрингу, что конкретно ты хочешь получить на входе.