Попробуй исключить обновленные модули из спринговых зависимостей.
Примерно так:
<dependency>
<groupId>org.springframework.boot</groupId>
<artifactId>spring-boot-starter-data-jpa</artifactId>
<exclusions>
<exclusion>
<groupId>org.apache.tomcat</groupId>
<artifactId>tomcat-jdbc</artifactId>
</exclusion>
<exclusion>
<groupId>org.hibernate</groupId>
<artifactId>hibernate-core</artifactId>
</exclusion>
<exclusion>
<groupId>org.hibernate</groupId>
<artifactId>hibernate-entitymanager</artifactId>
</exclusion>
</exclusions>
</dependency>