Станислав Шендаков, дело в том, что Entity - это не сервисы, а данные, соответственно DI контейнер с ними и не работает. Идея в том, что__constructor у них вызывается только при создании, если вы загружаете Entity из бд, конструктор вызван не будет.
Flying, не использую DotEnv компонент, но откуда информация, что переменные в .env имеют приоритет над реальными? На сколько помню, разработчики везде всегда писали, что реальные переменные имеют приоритет. К примеру тут
__constructor
у них вызывается только при создании, если вы загружаете Entity из бд, конструктор вызван не будет.