[Sat Oct 09 15:45:20.631008 2021] [authz_core:error] [pid 5394] [client XXXXXXX:19308] AH01630: client denied by server configuration: /var/www/html/favicon.ico, referer: https://demo.site.ru/
<Directory /var/www/www-data/data/www/site.ru/>
Require all granted
</Directory>
либо запрет на уровне веб-сервера
конфиги не смотрел
либо неправильные разрешения на каталогах/файлах

Смотрите, из-под какого пользователя работает апач и PHP

Я вот только думаю натыкал правил iptables по разным инструкциям.
Можно их посмотреть и лишние удалить?
Если я правильно понял, то то, что я вводил не сохранилось (и это хорошо) после перезагрузки.
И попутный вопрос, почему все настраивают файервол на открытие портов, а я его не настраивал и у меня работает и SSH, FTP, SFTP и т.д.?
ну по iptables конечно их можно посмотреть, погуглите - "как настроить iptables" найдете все команды
Скорее всего в конфиге sFTP (ssh), FTP - зависит от выбраного фтп сервера
# You may change the default value for timing out an idle session.
idle_session_timeout=1200или вам приходится перелогиниваться?
ФТП не предполагает работу с файловой системой в реалтайм режиме
<VirtualHost *:80>
ServerName test.site.ru
DocumentRoot /var/www/www-root/data/www/test.site.ru
ServerAdmin root@site.ru
DirectoryIndex index.html index.php
AddDefaultCharset UTF-8
CustomLog /var/www/httpd-logs/test.site.ru.access.log combined
ErrorLog /var/www/httpd-logs/test.site.ru.error.log
</VirtualHost>
Всё имеет один раздел - /