Чет я не понял -
сейчас реализовано именно путем хранения и обработки массивов
- храните данные в пхп? В файлах? или... Не понятно кароче.
Мне видится в любом случае бд(мускуль, как наиболее распространенный, например) с отдельными таблицами на ваши массивы, пхп неплох для такого в качестве бэкенда, если нужно что-то чтобы мегабыстро работало - кеш в редис. Это достаточно стандартная связка, не вижу смысла что-либо изобртать по новой.
