" А те же транкзакции - это более высокий уровень, в DAO их можно не включать" их тогда хранить стоит в репозиториях?
"Вообще, название "репозиторий" обычно встречается в мире спринга, в JavaEE другие термины." а какие там термины, например?
И ещё такой вопрос: можно ли унаследовать DAO интерфейс от "репозитрия"(или наоборот), для избежания дублирования кода? Или можно определить какой-то общий интерфейс для обоих (для более понятной иерархии)?
Итак, судя по всему, ответов больше не будет, и делать ре-импорт всего проекта как-то не хочется (да и вряд ли поможет), идея все же несколько раз индексировала весь проект сама, так что отмечу этот ответ решением, как благодарность за внимание ;)