Надо использовать equals() для сравнения строк.
Цикл while перепишите - он выглядит нехорошо.
Лучше будет что-то вроде
while (lines = bufferlist.readLine()){
if (lines.equals(myTxt)) {
flagNameStr = 1;
break;
}
}
Ну и флаг надо сбрасывать в зависимости от того, что вам нужно проверить: наличие хотя бы в одной строчке из файла или наличие в каждой строчке.