Почему может колбасить сайт в выдаче Яндекса?

Николай Журавлев, Здравствуйте!
Расскажите, как сейчас себя чувствует ваш проект?
Мы примерно в тот же период начали замечать занижение своего сайта в Яндекс, без видимых на то причин.

Насколько критично, что Я.Вебмастер ругается на /?baobab_event_id=... и /?yhid=?

Если вы закрыли так, как написали, то закроете только страницы, у которых этот параметр добавился к главной странице сайта.
А с внутренними страницами такой проблемы нет?