BelieveHands

Посмотрите на свою js функцию popupbg

function popupbg()
{
	if ($(window).height() < $(".w1").height()) {
		$(".popup-holder").css("height",$(".w1").height());
	} else {
		$(".popup-holder").css("height",$(window).height());
	}
}

Вы всем своим всплывающим окнам задаете высоту
Потом посмотрите как закрывается окно

$('.popup-holder .btn-close, .popup-holder .bg').click(function(){
  $(this).parents('.popup-holder').fadeOut(300, function(){
    $(this).css({"left": "-9999px"}).height(0).show();
  });
  return false;
});

Высота ставится в 0 только тому попапу, который вы закрываете. У остальных блоков (а у вас их там куча) высота так и осталась равной тому проставленному значению, которое вы всем поставили при открытии окна.

Теперь загляните сюда https://jsfiddle.net/odwpezhj/ Посмотрите в chrome, а потом в firefox.