Насколько помнится, hg convert может работать инкрементально — при повторном запуске с теми же репозиториями он берёт из источника только новые ревизии.
Как вариант, есть расширение для Mercurial HgGit. Имея в рабочей директории hg-репозиторий, можно затолкать все ревизии в git-репозиторий (в том числе и пустой, я думаю).
