я тоже пользуюсь Ксубунту и с проблемой встречался. Использую стандартный xfce4-xkb-plugin. У меня он настройки иногда после ребута сохраняет. Ну а для пущей надёжности я дописал в конец файла /etc/default/console-setup такие строки:
XKBMODEL="pc105"
XKBLAYOUT="us,ru"
XKBVARIANT=",winkeys"
XKBOPTIONS="grp:lctrl_lshift_toggle,compose:ralt,grp_led:scroll"
также сделал алиас, чтобы настройка срабатывала немедленно:
setxkbmap -model pc105 -layout "us,ru" -variant ",winkeys" -option "grp:lctrl_lshift_toggle,compose:ralt,grp_led:scroll"