Best practice при разработке на wordpress является ООП и синглтон. Далее - по своему усмотрению. Исключение, разве что, когда у вас пара функций и один хук, грубо говоря.
Тут собраны хорошие советы, в большинстве общего характера.
Процедурно ни в коем случае не рекомендую, это путь всяких друпалов, не дает никаких преимуществ и смотрится \ рефакторится \ читается ужасно.
