Вам может помочь расширение из коробки Reference Search View - кажется под ваши задачи самое оно. Показывает в боковой панели все результаты поиска, по которым можно удобно перемещаться.
В общем, попробовал практически все плагины по поиску "FTP", остановился на варианте Remote FS. Он конечно достаточно своеобразно настраивается через Рабочие области и общие настройки, но работает неплохо.
И все же, было бы здорово, если бы кто-то форкнул remote-ftp под VSCode.
Возможно вы пытаетесь открыть файл в неправильной кодировке. В правом нижнем углу редактора есть кнопка с указанием кодировки, с помощью нее можно открыть файл заново в нужной кодировке (Reopen with Encoding).
В большинстве случаев файлы лучше сохранять в UTF-8. Забудьте про windows-1251.