Установил Ubuntu 18.04 и тоже заметил лаги при переключении раскладки через Alt+Shift. На 16.04 такого не было.
Я заметил, что если использовать стандартную комбинацию Super+Space, это работает быстрее.
Погуглил и нашел такое решение: https://askubuntu.com/a/986629/766670
Суть в том, что Alt+Shift - это доп. метод переключения (медленный), а стандартный - быстрый.
Поэтому можно подменить комбинацию клавиш стандартного метода на желаемую и переключение станет работать быстрее:

gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source "['<Alt>Shift_L']"
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source-backward "['<Shift>Alt_L']"