2. Разница в том, что то что выводится в шаблоне сначала
буферизуется (в т.ч. для того, чтобы работала установка кук, localRedirect, всякие там отложенные функции и т.п.), а вот init.php исключительно исполняет то, что в нем написано на каждом хите без какой либо буферизации.