rmdir надо запустить с ключом -p, тогда он удаляет все родительские пустые каталоги, как-то так:
Скрипт №2: find /common/«ОбщаяПапка»/ -type d -empty -exec rmdir -p {} ;
Я бы посмотрел в сторону sqlite (вместе с каким-нибудь менеджером). Можно поиграться с SQL-запросами, ну и экспорт-импорт наладить много проще чем с DBF.