Алексей

Я возможно механизм работы не понял, но может имеет смысл просто в базе хранить путь до этого файла и рядом время последнего изменения ? Ну тоесть:

if (filemtime('some.xml') != $lastmodify) {
    //делаем загрузку в базу данных\мемкеш\еще кудато и выводим содержимое гетконтента
 
} else {
  //ну а если сюда попали, значит никаких изменений небыло и можно брать данные из кэша или базы
  //желательно еще добавить првоерку, существует ли вообще такой файл, но это уже мелочи

}

Вобщем я бы предложил такое решение:
Есть таблица menu с полями id, title, category_id type
Есть таблица связующая таблица categories с полями id, content_id, name

И выводите любое меню через эту категорию, можете по типу создавать в кссе дополнительное оформление для разных типов.
Вид страницы и код отображения, в зависимости статья это или проект, у вас в любом случае будет отличаться, поэтому и таблицы для статей и проектов у вас тоже будут разными, но привязанными к меню и вы точно будете знать что именно меню означает и куда ведет.

Даже не представляю какие там поля могут быть у проектов, напишу на примере статьи. Имеем таблицы menu, categories.

SELECT menu.id, menu.title, menu.type
FROM menu
INNER JOIN categories ON (categories.id = $выбранная категория для отображения меню)

Не совсем понятно в чем может состоять опасность. Ты можешь хоть полностью на ajax перевести сайт, который будет обращаться к файлу с подключением и сразу выполнять скрипт. Соблюдай стандарты написания подключений и запросов, а также перехватывай ошибки, которые могут теоретически возникнуть. Например упала у тебя база и чтоб пользователю показало не какое-нибудь
MySQL Error #XXX: no connect to xxx.xxx.xxx with user login:vasya and password: pupkin.
А просто выводились сообщения типа "База пока лежит, попробуй позже". Ну и обрабатывай любые запросы в соответствии со стандартами и рекомендациями из официальных или популярных источников. Не забывай обновлять ПО, хотя бы просто читай ченжлоги и смотри есть ли там критические заплатки и все у тебя будет отлично и никто тебя не взломает, поэтому не надо паранойю разводить и делай так как тебе удобно. Фреймворк нужен только тогда, когда понимаешь зачем он нужен, просто так его учить... ну разве что для собеседования на работу.