Gentoo.
Логичная и обширная база пакетов и системы в целом.
Можно настроить все что угодно.
Но учтите, что любой Linux дистрибутив (возможно я некорректно экстраполирую на все, работая только на нескольких), за исключением, возможно, Ubuntu, будет стабильно работать только при наличие у вас знаний.
И для изучения Linux — Gentoo лучший вариант на мой взгляд.