В местах, где отваливается, случаем не 2 интернет провайдера?
Есть такой баг, где несколько сетей на микротике и у каждой свой интернет. Иногда, после ребута микротика с клиентом (свет, обновление, тех работы) случается такая проблема.
Лечится небольшим костылем - на центральном шлюзе есть 2 ip для l2tp, когда такое случается - перключаю на другую ипшку а настройках клиента. Снова появилось - обратно на первую.
Так же, если ситуация как и у меня - в таких случаях помогает снизить вероятность проблемы - на сервере в заранее созданном подключении разрешить множественные подключения. Проблема становится реже, но, к сожалению, не пропадает.
Гуглил когда-то, находил, что о проблеме в моем случае в микротике знают, но не торопятся решать (не знаю, насколько точная инфа)