docker exec <container_id> dpkg -l
Выполняет команду в работающем контейнере
RUN conda list -n my_environment > packages.txt
RUN conda list > packages2.txt
Создает новый слой в котором эта команда выполнена
Я в докере понимаю мало чего, но возникли вопросы.
Так сначала документацию прочитай