Scrool с sidebar решается добавлением z-index: -1 к sidebar, если нет необходимости скрулить сам sidebar
Смотри здесь https://codepen.io/Vedischev/pen/zzzjvr
И потом надо будет это меню привязывать к конкретной категории, что бы ее там выводить?
В этом случае смотри смысловую нагрузку. Надо или не надо.
И так же надо будет проделать со всеми меню, которые мне нужно создать? ТО есть у меня будет куча меню?
Ну что-то вроде того. Тебе видней, всей картины по твоему скрину не видно. Можно обойтись и 2-3 (навигация (верх), каталог товаров (левая колонка) и вспомогательное (низ)).