Была такая проблема. Что характерно, началась после того как решил привести сайт под все рекомендации гугла... После того как переназначил приоритеты в карте сайта для страниц, часть ранее популярных страниц резко удалились с поиска вообще. А новые не добавлялись в индексацию. Начал играться приоритетами и картина немного исправилась...