На мой взгляд ваш вопрос можно разделить условно на два пункта.
Первый - это право собственности на само доменное имя.
Второе - право собственности на сам программный продукт.
Первое решается путем регистрации доменного имени на ваше имя. Т.е. лучше именно вам зарегистрироваться у хостера/регистратора и зарегистрировать домен на ваше имя.
Второе - заключить договор с разработчиком самого сайта в котором прописать, что имущественные права на него принадлежат вам. Если же разработчиком вы и являетесь, тогда проще. Вы им являетесь по определению. Но тогда следите, чтоб сам код не украли...
