Чем же? Всю жизнь там подключал скрипты. На сколько я знаю, то оно так и задумывалось?
Про буфер не понял. Что это и как с ним работать?
<?php ob_start() ?>
<script>
$(function() {
// js/jquery code
});
</script>
<?php $this->registerJs(preg_replace('/<\/?script[^>]*?>/uis', '', ob_get_clean())) ?>
Это в раздел с компонентами? Если подключать с CDN, то что, в таком случае, делают с assets в vendor? Оставляют как есть или сносят? Какой тогда в нём смысл? Я же тогда могу, по примеру, в папку web раскидать bootstrap, jquery и остальные библиотеки и так же назначить?