В Я.С можноондексировать базу MySQL и любую другую по ODBC.
Поднимал и Сфинкса и Я.С, конечно релевантность у Я.С выше, но он очень долго индексирует сайт из 450 000 страниц, примерное время — 2 суток, и во время индексации ему нужно 2 гига на винте чтоб были свободными(для моего количества страниц). А когда он начинает сливать индексы сервак вешается, хостер постоянно жаловался что мой сервер жрет больше оперативы чем можно(2Гига). Короче решать Вам, но с 4М статей я бы если и ставил Я.С, то на отдельный сервак.