Возможен такой вариант:
1) Ищете обработку "УниверсальнаяВыгрузкаЗагрузкаДанныхXML". Есть на дисках ИТС и в инете
2) Берете новую абсолютно чистую конфигурацию БП 2.0 (желательно того же релиза, что и исходная)
3) Переносите туда Контрагентов и Номенклатуру с помощью указанной выше обработки. Там нужно просто поставить галочки напротив тех справочников, которые хотите переносить. В Вашем случае - контрагенты и номенклатура. Не забудьте проставить также галочки "выгружать при необходимости" у остальных справочников, регистров сведений и т.д. Ведь вместе с номенклатурой переносятся ее единицы измерения и т.д.
Не забудьте также, что наверняка понадобятся и справочники "Договоры" - в общем посоветуйтесь с бухгалтером еще раз, что еще нужно выгружать. Прям сядьте и пройдитесь по списку.
3) После переноса в чистую базу справочников, обновляем ее до 3.0 типовым способом
4) PROFIT