Ставим backupninja на локальный сервер.
Настраиваем ходилку на удаленный сервер по ssh ключику
Настраиваем правила бекапа для файлов и mysql
Радуемся :)
Берите Chive, opensource, написано на Yii, значит как минимум контроллеры от представлений отлеплены =)
Остальное допиливается согласно хотелкам заказчика :)