А вы уверены что именно на php должно быть написано? Если вы предоставляете доступ клиентам к базе данных, то да, и не думаю что лучше PMA что то будет, т.к. все хостеры используют его, и наверно не просто так. Вообще слышал про CIMyAdmin, но не использовал, но знаю что написан на Codeigniter а значит что используется MVC, и шаблоны в отдельной папке будут лежать. Но если запуск на сервере не нужен то рекомендую использовать десктопные решения, удобнее, функциональнее, большой выбор. Под Windows когда сидел не помню чем пользовался, но об этом инструменте говорилось на хабре не раз. А на MAC использую Navicat Premium (скрин
d.pr/i/rLFX) достаточно удобная штука, на Windows тоже пойдет.