Не бывает "изоморфных" приложений, бывают изоморфные модули и библиотеки.
Вообще, условно модули (библиотеки) в js можно разделить на 4 группы:
1. ClientSide - работают только на клиенте (браузере), так как завязаны на его апи (dom, ajax, etc.). Примеры: jQuery, Angular
Если смотреть глубже, то ClientSide бывает тоже разный, так как платформы тоже разные бывают (браузер, мобильный браузер, PhoneGap, Electron) и апи у них может отличаться.
2. ServerSide - работают только на сервере (node.js), опять же завязаны на апи платформы, только серверной (работа с фалами, базами данных, системой, etc.). Примеры: express, mongoose
3. NoSide - Работают на любой платформе, так как не привязаны к апи конкретной платформы, а используют только возможности нативного js (или других таких же библиотек). Примеры: lodash/underscore, validate.js, большинство шаблонизаторов
Именно их и называют изоморфными
4. BothSide - Имеют версии как для клиента так и для сервера, + налаженное взаимодействие между ними (не всегда). Примеры: Meteor.js, Derby, с недавних пор React.js
