Забить на create-react-app, настроить конфиги самому, создать структуру
- src
-- common
-- client
-- server
Правда, в случае с изоморфным приложением, которое умеет рендериться на сервере, разделение на client и common неактуально, т.к. всё, что связано с клиентом, будет использовано и на сервере, но всё, что связано с сервером, не будет использовано на клиенте. Так что я бы посоветовал такую структуру:
- src
-- app
-- server