from collections import Counter
dct = {
u'DC963983-0B06-47D4-8E09-9D12C98FEEE4': 3,
u'DC963983-0B06-47D4-8E09-9D12C98FEEE4': 3,
u'D2AEE06F-B0BF-41E9-8646-93F7B852F357': 6
}
values = dct.values()
counter = Counter(values)
print(dict(counter))
UPD: Кстати, в вашем словаре из примера первый ключ повторяется дважды. Так делать нельзя, в словаре все ключи должны быть уникальны - иначе питон просто перезапишет первое значение вторым, и в словаре вместо этих двух элементов останется один. Поэтому для вашего примера мой скрипт выведет не то решение, которого вы ожидаете.
На корректном словаре с уникальными ключами мой скрипт будет работать правильно.
Если вам нужно, чтобы можно было использовать одинаковые ключи для разных элементов, то вам стоит использовать не словарь, а другую структуру данных. Например, список кортежей.
