Возможно все.
основной домен domain.ru, создал доп. домен newdomain.com
создал пользователя newuser, в выпадающем списке выбрал домен для него newdomain.com т.е. логин стал newuser@newdomain.com
указал путь домашней директории
Все. Может проблема в том, что нет записи CNAME для поддомена ftp.newdomain.com (ftp.somedomain.ru в твоем случае)