Где будет правильно расположить методы конвертации дто -> ентити и наоборот?

Jacen11, если я правильно вас понял, про дто знает только репа. И, видимо, репа генерит ДТО. Тогда где в этой схеме место для энтити с бизнесовыми методами? Я понимаю, что не понял вашей схемы.

Где будет правильно расположить методы конвертации дто -> ентити и наоборот?

. И ничего там не сложно
под маперы можно сделать пакет рядом с репой, репа должна уже модели возвращать. Никто кроме репы про дто не должны знать

Тут нет никакой описки?

Как работает следующий фрагмент кода?

Сергей Горностаев,
cars.add(new Car(Mark.BMW, Model.I4, 2021, 3_000_000L));

А это не экземпляр? И не конструктор?

Куда нужно вписывать значения, при инкапсуляции, которые находятся в закоментированной переменной, чтобы они все могли выводится?

Ещё не понятно: в конструктор вы должны передать массив, а в методе main вы туда передаёте элемент массива...