Если я тебя правильно понял то как то так:
<form action="" method="get">
    <input type="checkbox" name="checkbox_values[]" value="">
    <input type="checkbox" name="checkbox_values[]" value="">
    <input type="checkbox" name="checkbox_values[]" value="">
    <input type="checkbox" name="checkbox_values[]" value="">
    <input type="checkbox" name="checkbox_values[]" value="">
    <input type="submit" value="Submit">
</form>
<?php
if(isset($_GET['checkbox_values']) && is_array($_GET['checkbox_values'])){
    $checkbox_values = $_GET['checkbox_values'];
    $res_string = '';
    foreach ($checkbox_values as $index => $checkbox_value) {
        switch($checkbox_value){
            case '1':
                $new_val = 'a';
                break;
            case '2':
                $new_val = 'b';
                break;
            default:
                $new_val = '';            
        }    
        $res_string .= $new_val;
        //if not last array element add separator
        if(end($checkbox_values) != $checkbox_value) $res_string .= ',';
    }
}
?>
И потом  $res_string пишешь куда тебе надо