Моё мнение, хранить все в 1ой базе, т.к. данные связанные. 100 млн записей - это не много, особенно если бд грамотно спроектирована, есть нужные ключи и все такое. Разносить будет смысл, только когда упретесь в производительность железок и не будет другой возможности убрать проблемы производительности, кроме как разделить бд на разные сервера, но до таких проблем еще надо постараться добраться.