Если у тебя несколько БД на одном сервере - у тебя все равно будут проблемы по производительности диска. Баз-то несколько, а дисковая подсистема (и процессор и шина доступа к оперативке) - тот же самый.
Если у тебя несколько БД на разных серверах - то добавляются задержки сети.
Я бы пересмотрел архитектуру приложения (если это еще возможно). Часть бы положил в узкоспециализированную БД типа Tarantool.
https://habrahabr.ru/company/oleg-bunin/blog/310690/
П.С.:
Десятки миллионов записей для современной СУБД - это ерунда.
У меня миллиарды крутяться на одном единственном сервере на PostgresSQL - полет нормальный.
Конфигурация PostgreSQL оптимизирована (задано эффктивное использование оперативной памяти)