Полностью соглашусь с предыдущими ответами, но вот есть пару нюансов:
1. При выборе платформы подумайте о будущем проекта, посмотрите стоимость специалистов в выбраной вами платформы. (Скажем Ruby дороже PHP, Java иногда дороже .NET'а итд)
2. Возможность использовать автоматизированые средства, Object Relation Mapping to Database (ORM). Java & .NET предоставляют UI для работы (не буду вдаваться в подробности кто больше, кто меньше).
3. Оцените сообщество выбраной вами платформы (скажем PHP/JAVA/.NET обладают высококласным и огромным сообществом, чуть позади Ruby/Pylons/Python).

Помощь в проектировании могу оказать, если надоедать не будите. :)

Вам необходимо поставить ISAPI фильтр, который работал бы следующим образом:
IIS будет обрабатывать все входящие соединения, определять virtual host и отдавать обработку ISAPI-фильтру, что полность будет перенаправлять трафик на Apache седящем, скажем на 127.0.0.1:8080

Я сама этого не делала, но посмотрите как Tomcat прикручивается к IISу, думаю этот путь вам поможет.

Обычно это делают так:
1. Общие сборки выделяют в отдельный проект
2. Пишут build script (в самом простом случаи .sln подходит)
3. Устанавливается NuGet
4. Собирается .nuspec-файл и на вкладывают в него все сборки (см. п1)

Для автоматизации процесса настраивается continue intergration (CI) билд-сервер, который бы при каждом изменении собирал бы общие сборки и отправлял в NuGet Repository, откуда все заинтересованные проекты бы подтягивали по мере необходимости.

Вот первая ссылка из Гугл
www.hanselman.com/blog/NuGetForTheEnterpriseNuGetInAContinuousIntegrationAutomatedBuildSystem.aspx

Будут вопросы — обращайтесь в почту.

В первую очередь всё зависит от процесса, который вы хотите получить.

В эти выходные обменивалась опытом с коллегами, и для себя вынесла следующее:
При однотипной работе, однотипных проектах или поддержанию давно сущестующего не плохо подходит Scrum,
Для областей которые комманде мало известны или имеют много важных особенностей (а другие бывают?) удобнее использовать CMMI

И следовательно из выше сказанного подбирать нужно под ваш процесс, а не тот у кого кнопочки более вебдванольные.

P.S. Мы используем для обоих процессов Team Foundation Server (иногда с изменёнными шаблонами)