Процесс создания Arduino на макетной плате пошагово описан в статье
Building an Arduino on a Breadboard.
Всё, что требуется - это взять микроконтроллер ATmega328P, прошить в него бутлоадер Arduino, запрограммировать FUSE-биты и после этого можно использовать для его программирования Arduino IDE.
Единственное, что может потребоваться - это создать для него специальную конфигурацию, в том случае, если Вы захотите тактировать Ваш микроконтроллер не от кристалла 16 MHz, а например от встроенного осциллятора на 8 MHz. В этом случае нужно будет просто отредактировать файл boards.txt, добавив в него собственную конфигурацию.
