Разобрался, все-таки проблема была аппаратная - погнулись контакты внутри USB-разъема, отвечающие за 2.0 (как известно, в USB 3.0 есть два набора контактов - соответственно обеспечивающие 3.0 и 2.0). Этим и были вызваны все эффекты. Обновление Windows и временная неработоспособность 3.0-режима пустили по ложному следу. Также хочу заметить, что проблемы с контактами довольно трудно бывает обнаружить визуально.
В итоге починить своими силами не удалось, пришлось отдать в сервис на перепайку за деньги. А в фирменном естественно сказали, что негарантийный случай, так что могут только предложить замену всей материнки за примерно 35000. Перепаять в разы дешевле, но они этим не занимаются.