Если нужен бэкап именно гипервизора, то это бэкапится он как и любой Linux простым архивированием.
Если нужен бэкап виртуальных машин, то нужно соответствующее ПО (Acronis, Veeam, Symantec etc.), поскольку файлы виртуалок открыты для записи и копированию не подлежат.