Если сервер 1с и сервер RDP один и тот же компьютер, то нужно запретить выдачу лицензий сервером 1с (это делается в каждой базе в консоли администрирования), если сервер 1с и RDP сервер разные компьютеры - то можно не запрещать.
Затем активировать клиентские лицензии на сервере RDP в варианте "на этот компьютер", выбрать "доступна всем пользователям". Тогда в каждом сеансе RDP можно будет запускать неограниченное количество баз. Возможно лицензии нужно будет активировать как "однопользовательские", но это не точно ) рекомендую написать по почте в 1с.
В таком варианте мы теряем возможность использования web клиента, но зато имеем возможность экономить на одновременном использовании нескольких сеансов одним пользователем. Если же нужен веб клиент - то придется активировать лицензию на сервер (по количеству планируемых сеансов веб пользователей, остальное на терминальный сервер. проще всего отдельно купленной многопользовательской) и следить за тем, чтобы "не веб" пользователи не получали лицензию с сервера. Как - на это у меня ответа нет )