Submodule это немного не то, проект не содержит подмодулей.
В процессе тестирования проводили следующие операции:
- Отключили полностью файервол;
- Сменили на стандартный порт 9418
- Обновляли серверную часть Git до последней версии
- Пробовали различные версии gitforwindows
Ни одно из этих действий не привело к результату, из NetBeans работает push, gitforwindows не работает.
В NetBeans, насколько мне известно используется jgit, но я не представляю, как его можно связать с тем же PhpStorm.