На мой взгляд дубли негативно влияют на ранжирование, иначе можно было бы наплодить 100500 одинаковых страниц и получать трафик на них трафик. Падение трафика в обеих поисковых системах может быть вызвано праздничными днями, сезонностью запросов. Так что не следует переживать из-за того, что вы оптимизируете сайт удалением дублей, скорее всего это должно сказаться положительно, чем отрицательно