Я нашел объяснение тому, что диск не находился биосом.
При установке windows 7 я не создавал вручную партиции, их создала сама windows, причем сделала это очень странно, оставив по несколько байт неразмеченного места в начале и в конце диска. (Видно например acronis 'ом и подобными программами)
Контроллер интел не справился с задачей чтения такой маленькой партиции и, как следствие, диск не увидел.
Что я сделал чтобы перевести диск в режим AHCI:
1) Достал свой старый hdd диск с полки, и сделал на него клонирование disc to disc. (использовал norton ghost v11.5)
2) Вставил диск с виндой и стер первый hdd.
3) Отклонировал обратно так, что неразмеченных мест не осталось.
4) В реестре поправил ветку, включающую поддержку AHCI
5) В биосе поменял настройки диска на AHCI и загрузился.
Надеюсь кому то кроме меня мои исследования пригодятся!
