Вся вселенская боль, что сравнивать Яп в рамках сферического вакуума (то есть без конкретной задачи) - ну просто пол-палец-потолок.
Основной момент у вас - что из себя представляет собой алгоритм и какова его сложность.
Допустим (пол-палец-потолок) - это анализ текстовых данных. Берете Perl.
Или обработка статистических данных. Ну тут наверное Python ?
Короче смотрите на специфику алгоритма и выбирайте из ЯП, которые больше подходят по эту сферу.
