webpack добавляет разработке систему модульности, что по "дефолту" в браузеры не включено. Это значит, что при импорте разных файлов в вашем скрипте на выходе будет монолитный бандл.
вопрос про "видимость файлов" не совсем понятный. покажите на конкретном примере
В большинстве случаев Webpack применяется для сборки сложных spa js приложений с различными настройками, плагинами и тд.