Выкачивайте на комп, обрабатывайте и заливайте. Быстрее всего. Вы сейчас паритесь из за ресурсов, которых на вашем компе предостаточно и ломаете голову как бы исправить корявую архитектуру вот минимально. Сливайте и image stone resizer вам в помощь. Иерархию папок сохраняет.
