AlexeyVPolunin

Как вариант, если все файлы одинаковы, то правите один. А затем запускаете bat, в котором этот файл копируется по вашим папкам.
Но лучше подумайте над структурой сайта, 200 папок с одинаковым файлом это в лучших индусских традициях. Избегайте их.