Решение в моем случае такое:
В установщике линукс, на этапе выбора варианта работы с диском выбираете "другое".
Находите свой отдельный хард под линукс, создаете на нем новую таблицу разделов.
Свободное пространство делите на 4 части:
- Тип: Загрузочный EFI, Размер: 650 Mb, остальное по-умолчанию.
- Тип: Файловая система ext4, Размер: 20 Гб+, Точка монтирования: /, остальное по-умолчанию.
- Тип: Подкачка (SWAP), Размер: в два раза больше максимального объема RAM + 1-2 Гб сверху, остальное по-умолчанию.
- Тип: Файловая система ext4, Размер: всё оставшееся, Точка монтирования: /home, остальное по-умолчанию.
Место установки загрузчика - сектор EFI который создали выше на этом же харде.
В результате система встала на этот хард, загрузчик на SDD обновился и позволяет грузиться в обе системы.